پژوهشکده های دارای موافقت قطعی

• پژوهشکده مطالعات و تحقیقات حمل و نقل
• پژوهشکده مخابرات نظری (نوع1)

• پژوهشکده الکترونیک (نوع 1)

• پژوهشکده علوم و فناوری انرژی

• پژوهشکده علوم و فناوری نانو (نوع 2)

• پژوهشکده سیاست گذاری علم صنعت و فناوری

پژوهشکده های دارای موافقت اصولی

• پژوهشکده زیست فناوری و محیط زیست (تلفن تماس:66164104- 66164101)
• پژوهشکده توسعه علوم و فناوری فضا
• پژوهشکده مطالعات اقتصادی و صنعتی شریف
•  پژوهشکده شهید رضائی

 پژوهشکده های دارای موافقت شورای پژوهشی دانشگاه

• پژوهشکده مهندسی پزشکی
• پژوهشکده فناوری اطلاعات و ارتباطات پیشرفته

پژوهشکده‌های تقاضا محور (ستادی) 

• پژوهشکده شهید نیلی
• پژوهشکده علوم و فناوری شهید احمد کاظمی
• پژوهشکده تهرانی مقدم (تلفن: 66166214)
• پژوهشکده بالا دستی نفت شریف